وهو يتكون من رئيس الوزراء ونائب رئيس الوزراء والوزراء. من الناحية الإدارية يعتبر السكرتير العام هو أهم مسئول فى مجلس الوزراء، ففى عام 1997 كان السكرتير العام يُسند إليه منصب وزير إدارة الدولة.

مجلس الوزراء هو الذي يحدد وينفذ السياسة الداخلية والخارجية للدوله. هيكل الإدارة المركزية فى الفترة الإنتقاليه ضم  بعض الأجهزة بجانب الوزارات مثل اللجان والوكالات والإدارت التابعة مباشرة لمجلس الوزراء  من أجل تنفيذ المتطلبات الجديدة للفترة الإنتقالية.

وفقاً للتقسيم الإداري فى بلغاريا، يوجد مستويين للإدارة المركزية هما  مستوى الإقليم(Region)  و مستوى المقاطعة (District). كانت تتكون بلغاريا من 6 أقاليم(Regions)، و279 مقاطعة(Districts)، و 4032 بلدية (Municipalities). 

الإقليم هو وحدة إدارية مسئولة عن تنفيذ سياسة الإقليم وتقوم بإدارة الدولة على المستوى المحلي، فضلاً عن المواءمة بين المصالح الوطنية والمحلية. الإقليم يرأسه محافظ الإقليم ويسانده الإدارة الإقليمية.أما على مستوى المقاطعة فيحكمها عمدة المقاطعة ومجلس محلي وإدارة محلية منتخبه. ثم تأتي البلديات وهى أصغر وحدة إدارية موجوده فى بلغاريا ويوجد بها حكم ذاتي محلي. عملية إتخاذ القرار فى بلغاريا كانت تتم بمركزية فضلاً عن عدم  التنسيق وعدم تداول المعلومات بين الوزارات المختلفه.

يعتبر الإقليم هو المستوي الوسيط فى هيكل الإدارة العامة فى بلغاريا. طبقاً لقانون الحكم الذاتي المحلي والإدارة المحلية لعام 1991، المحافظ هو ممثل الحكومة فى الإقليم بدعم من نائبه وإدارة إقليمية بتمويل من موازنة الحكومة المركزية.

المحافظ يتم تعيينه من قبل مجلس الوزراء أما نائب المحافظ يتم تعيينه من قبل رئيس الوزراء. طبقاُ لنص القانون السابق المحافظ مسئول عن عدد من الوظائف منها:

1. تنفيذ سياسات الحكومة فى الإقليم.

2. فرض المسئوليات المتعلقه بالإصلاح الإداري.

3. التنسيق بين عمل الأجهزة الحكومية المختلفه والمتداخله فى الإقليم.

4. المواءمة بين المصالح المحلية والوطنية.

5. ضمان إحترام القوانين  وتنفيذها.

6. الرقابة على شرعية الإجراءات والقوانين التى إتخذتها أجهزة الحكم الذاتي المحلي والإدارة المحلية، والهيئات الحكومية، والمنظمات والشركات الموجوده داخل إطار الإقليم.

7. يحق للمحافظ منع تنفيذ اللوائح الغير قانونية التى يصدرها مجلس البلدية وإحالتها إلى محكمة المقاطعه التابع له البلديه.

إن المستوى الإقليمي يعتبر طبقة قوية جدا فى الهيكل الإداري للدولة، فالمحافظين هم جزء أساسي من الخدمة المدنية. وعلى الرغم من وجوب المحايدة السياسية لموظفي الخدمة المدنية، إلا أن هذا لم يكن موجوداً فى بلغاريا نتيجة العلاقة الإدارية والقانونية بين المحافظين ومجلس الوزراء. معظم القضايا المتعلقة بشأن محافظي الأقاليم متمثلة في:

1. منح قانون الحكم الذاتي المحلي والإدارة المحلية لعام 1991 عدد لا بأس به من الحقوق لمحافظي الأقاليم.

2. التدابير القانونيه ضد أفعال وأعمال المحافظين محدودة وغير فعالة.

3. ضعف السلطة القضائية يقلل من فعالية المساءلة القانونية لقرارات  محافظي الأقاليم.

4. حق مجلس الوزراء فى تعيين المحافظ، ورئيس الوزراء فى تعيين نائب المحافظ أدى إلى التبعية الشديدة للمحافظين ونائبيهم إلى الحكومة المركزية.

فى 19 ديسمبر 1998 تم تعديل قانون الحكم الذاتي المحلي والإدارة المحلية حيث ثم تعديل الأقاليم لكى تصيح 28 إقليم بدلاً من 9 أقاليم. ودخلت هذه التعديلات حيز التنفيذ فى ا يناير 1999 وقام مجلس الوزراء بتعيين محافظي الأقاليم الجديدة منتهزا الفرصه لزيادة أغلبيته السياسية على مستوي الأقاليم بتعيين محافظين مشهود لهم بولائهم السياسي للحكومة  - إتحاد القوي الديمقراطية - فى ذلك الوقت. كان الهدف من هذه التعديلات هو جعل  مساحة الأقاليم  أصغر ، مما يجعل المحافظين أكثر قدرة على التفاعل بإيجابية مع إحتياجات ومشكلات المواطنين فى كل إقاليم.

إن من الشروط المسبقة الأساسية لإصلاح الأقاليم فى بلغاريا كانت هى التمويل، حقوق الملكية للشركات العامة ، إجراءات الإستثمارات العامة. إن تمويل الأقاليم لابد أن يكون بالتوازي مع عملية اللامركزية. لكن هذا لم يحدث في بلغاريا خلال الفترة الإنتقالية، فالأقاليم والمحليات إعتمدت  بالأساس على موازنة الدولة. حتى بعد التقسيم الجديد للأقاليم – 28 إقليم – ظل نظام تمويل الأقاليم كما هو. لذلك يمكن القول أن نظام التمويل فى بلغاريا ظل غير كفء خلال الفترة الإنتقالية، خاصة فى ظل نظام جمع الضرائب. فالضرائب المحلية التى يتم جمعها من الشركات العاملة فى الأقاليم والمحليات تعتمد بالأساس على البيئة والمناخ الإقتصادي التى تعمل فيه هذه الشركات. فكلما تحسنت البيئة الإقتصادية كلما تحسن أداء الشركات كلما أدى ذلك إلى زيادة حصيلة الضرائب. هذا يستوجب وجود صناديق إقليمية تهدف إلى تنمية وتحسين البيئة الإقتصادية فيها، لكن هذا لم يكن موجوداً فى بلغاريا. أما بالنسبة للشرط الثاني وهو حقوق الملكية للشركات العامة، فلم تكن خالصةً للبلديات. كذلك الشرط الثالث لإصلاح  الأقاليم فى بلغاريا وهو إجراءات الإستثمارات العامة، فإنها عانت من المتناقضات وعدم الوضوح فى بعض القواعد خاصة أن دول أوربا الشرقية تمثل عمليات الشراء الحكومية فيها ما يبلغ من 15% من الناتج المحلي الإجمالي. لذلك كان لابد من تطوير أنظمة الشراء الحكومية وجعل عمليات الشراء أكثر تنافسية حتى يتم إستخدام المال العام بطريقة أكثر كفاءة.

إن عدد القوانين التى تم تعديلها فى بلغاريا خلال الفترة الإنتقالية - لإصلاح الجهاز الإداري، والإهتمام بالموظفين العموميين – هى مركز ومحور الإهتمام لإنشاء إدارة مهنية قادرة على تقديم الخدمات للمواطنين. فإن عملية إعادة الهيكلة طويلة وصعبة لكن الهدف فى بلغاريا كان واضحاً وهو جعل الجهاز الإداري هو العمود الفقري لعملية التنمية.