انخرطت جماعة الإخوان المسلمين، ومنذ بداياتها في الصراع السياسي. فساندت القضية وخلال الحرب العالمية الثانية قاد البنا حملةً ضد النفوذ البريطاني، ثمّ طالب بعد انتهاء الحرب بمراجعة الاتفاقات البريطانية-المصرية
وفي العام 1948، وبعد ضغوط بريطانية كبيرة، صدر قرار من رئيس الحكومة المصرية محمود فهمي النقراشي بحل جماعة الأخوان المسلمين بتهمة التحريض والعمل ضد أمن الدولة
في 28 ديسمبر 1948 اغتيل النقراشي على يد أحد الأخوان المسلمين فكان رد الحكم باغتيال مؤسس الجماعة حسن البنا في 12 فبراير 1949
ومع وصول جمال عبد الناصر إلى سدة الرئاسة، عادت سياسة المواجهة والتصدي بين الحكم والجماعة الإسلامية وشنّ عبد الناصر حملة من الاعتقالات ضد كادرات وقادة الجماعة بعد محاولةٍ لاغتياله نسبت إلى الأخوان المسلمين وواجه أفرادها في السجون المصرية سياسة القمع والتعذيب فكانت من أهم الأسباب التي أدّت إلى نشوء تنظيمات إسلامية أكثر تطرفاً وأشدّ عنفاً
واستمر الرئيس السادات ومن بعده مبارك في سياسة تتأرجح بين الانفتاح على الجماعة الإسلامية في حين لأغراض سياسية وقمعها في حين آخر.

المبادىء و الاهداف
ينادي فكر جماعة الإخوان المسلمين بضرورة التمسّك بالقرآن والسنّة ولاشيء سواهما.
والإسلام في مفهوم الإخوان المسلمين هو دين شامل ينتظم مظاهر الحياة جميعاً، عقيدة وعبادة، وطن وجنسية، دين ودولة، روحانية وعمل، مصحف وسيف
وقد وصف حسن البنا الدعوة الإسلامية بأّنها "حقيقة صوفية، وجمعية خيرية، ومؤسسة اجتماعية، وجماعة رياضية، ورابطة علمية وثقافية، وشركة اقتصادية، وحزب سياسي…"
ويشمل عمل جماعة الإخوان المسلمين جميع هذه الأوجه للوصول إلى أهدافها الأساسية ألا وهي بناء الفرد والعائلة والمجتمع الذين يقومون على المبادئ الإسلامية في جميع نواحيها الدينية والثقافية والسياسية والاجتماعية والاقتصادية والجسدية… وصولاً إلى بناء الدولة الإسلامية ثمّ الخلافة عبر التوحيد بين جميع الدول الإسلامية.
ويخوض الإخوان المسلمون، بقيادة مرشدهم الشيخ مصطفي مشهور، محاولات عديدة لإبراز رفضهم للعنف كأداة للصراع، والتأكيد على انفتاحهم وانتمائهم إلى المجتمع المدني خصوصاً في ما يتعلّق بحقوق المرأة والأقباط المسيحيين.